Двухместный учебно-тренировочный реактивный самолет Л-39 предназначен для полетов в простых и сложных метеоусловиях днем и ночью, выполнения фигур высшего пилотажа. По конструктивной схеме самолет представляет собой свободнонесущий цельнометаллический моноплан с низко расположенным крылом трапецевидной формы. Оперение самолета состоит из трапецевидного киля с рулем высоты, закрепленного на хвостовой части фюзеляжа. Шасси самолета - трехколесное с носовым колесом. Основные стойки шасси убираются в крыло, передняя стойка - в носовую часть фюзеляжа.

В передней части фюзеляжа расположены герметические кабины. Кабины оборудованы комплектом кислородного оборудования и имеют систему кондиционирования воздуха, что обеспечивает нормальную работу экипажа на большой высоте и позволяет легко переносить допустимые эксплуатационные перегрузки при использовании летчиками специального снаряжения. В кабинах установлены катапультные кресла, позволяющие членам экипажа покинуть самолет в аварийных случаях. Фонарь кабины - герметический с одинарным остеклением, откидные части при необходимости могут сбрасываться аварийно - пиротехническими системами.

Аварийное, радиоэлектронное и радиотехническое оборудование самолета обеспечивает возможность выполнения полетов днем и ночью в сложных метеоусловиях.